为什么上海生物教材将古细菌和真细菌一起归类为原核生物？

为什么上海生物教材将古细菌和真细菌一起归类为原核生物？

这么划分方便学生理解真核生物的独特之处，便于学习，方便理解细胞概念，比如细胞核，细胞器等等。

如果真要较真，很多分类学概念都不是单系群，即一个共同祖先及其所有后代组成的生物类群。

原生生物（单细胞真核生物，分类复杂，原生动物这个概念槽点太多，后生动物一般指多细胞动物，现在看动物的多细胞起源应该是来自于一个祖先的）

藻类（蓝细菌+非高等植物的具有质体的能进行产氧光合作用的真核生物）

真菌（有些教材中把卵菌类（比如水霉）等不属于Fungi单系群的生物也算为真菌，有些教材甚至把真菌算成植物）

鱼类（所有的陆生四足动物都是从鱼类起源的，但陆生四足动物是不是鱼类呢？）

两栖类（包括化石两栖类，不包括化石现生的两栖类确实是单系群）

爬行类（鸟类起源于恐龙，应该也属于爬行类）

但是为了方便学习和理解，总是把它们放到一起去讲述。

其实最难的问题不在于此，即使按照亲缘关系去划分细菌、古菌和真核生物，也有很多困难。

这个问题，其实反映的问题是古菌、细菌以及真核生物是组成三域还是两域，当然不管是三域还是两域，原核生物这个分类都是并系群。

从三域树到两域树，细菌、古菌和真核生物的系统发育树一直在改变：

所以目前来说，真核生物主体到底起源于古菌还是很早就与古菌分开，与现生的古菌类群并没有共同的古菌祖先，仍有争议。

但最关键的是，上述所有研究都是基于基因的垂直转移，即后代的遗传物质只来自于祖先，但实际上在真核生物起源之前的原核生物阶段、起源之初甚至起源之后，一直都受到细菌基因的横向转移，内共生过程中由线粒体和质体的祖先带来的基因就不说了，实际上核基因有很多也是从细菌那里来的。还有细胞核是怎么产生的呢？最初的细胞核中的遗传物质真的是来自于古菌主体吗？真核生物的核基因组难道未受到内共生时细菌的影响吗？

真核生物的基因组是古菌和细菌基因组的嵌合体，那么哪一类原核生物的基因占优势？

研究表明，真核生物基因组拥有很大一部分细菌的基因。真核生物整体而言，源自细菌的基因占真核生物基因总数的56%，在从未拥有质体的真核生物中源自细菌的基因占53%，在具有质体能够进行光合作用的真核生物中占61%，其中质体的蓝细菌祖先为真核生物贡献了额外的基因。[2]

细胞内寄生的原生生物（单细胞真核生物），失去了很多与代谢相关的细菌基因，因为它们在细胞内富营养的环境中可以获得充足的营养物质，不需要自己代谢。这种适应性的基因丢失在寄生人类的原生生物中最为显著，肠脑炎微孢子虫（Encephalitozoon intestinalis）有86%的古菌基因和14%的细菌基因。

所有真核生物样品中，水稻基因组的细菌基因占比最高，细菌基因占67%，古细菌基因占33%。

最有趣的是，在真核生物中，来自细菌的基因主要与代谢有关，来自古菌的基因主要与遗传信息的处理有关。

所以，真核生物、古菌以及细菌的分类很难按照传统的分类学方法去划分，因为其中涉及到内共生以及基因在细菌和真核生物祖先之间的转移，这不是细胞形态结构以及其他生化特征就能解决的问题，但如果只看基因组，真核生物反而拥有更多源自细菌的基因，所以，我们到底是接近细菌还是接近古菌呢？

我看存在这么多问题，简单划分成原核生物和真核生物也挺好的，哈哈。