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我用mega做了一个进化树,这个进化树怎么分析啊?

我用mega做了一个进化树,这个进化树怎么分析啊?

的有关信息介绍如下:

我用mega做了一个进化树,这个进化树怎么分析啊?

题目假设:1、根据观察,你的图像好像用的是邻接法(N-J法)做的,所以暂且认为你的所有数据均在此基础上进行的操作;

2、作为更加明晰的分析图形,你应该点击original tree旁边的bootstrap consensus tree这张图,并且在该图上进行分析。

3、你的图像看起来貌似一棵等距树,即具有分子钟。

基于以上假设,作出如下分析:

1、首先对节点数值进行分析,节点数据表示自展法运算后得到的概率,意思你可以理解为进行若干次计算后软件对分类结果的一个可靠性分析,小于60%或者70%的说明通过MEGA软件的邻接法计算的结果可能不在一个分类中;

2、其次由于此进化树表示一棵等距树,可根据树枝的长短确定同源性的程度,相距越长表示同源性越小,相距越近则表示越同源;

3、最后综上,我建议你可以从进化树的分类结果以及使用的构建进化树的方法两个方面对你的结果进行分析,分别从同源性以及可靠性两个方面进行求解。

>>一点建议:

1、可视化建议

a、隐藏置信度不高的分枝(比如小于60或者70,以下我隐藏小于60)

原图:

隐藏后:

b、使用颜色更清楚地进行分类

c、根据情况使用其他形状的进化树

2、为了帮助可视化,建议采用可信树,即以移除进化树中所有可信度不高的内部分枝

此时的分支长度不再有意义,即,所有的线长仅仅为了美观。

(注:由于本人不是知乎的忠实用户,所以此回答下的评论以后可能不会及时回复,实在是抱歉。但是!根据本人这几年的经验,整理了一份关于此回答下的一篇系统的专栏文章,将你们可能的问题都集中放在了专栏里面,各位看官如果有兴趣或者有疑问,可以移步我的专栏对各位看官的问题挑选性阅读。祝好!)